El museo se encuentra ubicado en la Torre de la Vela. Posee tres plantas y de una torre de cinco pisos. Ofrece al público exposiciones temporales, así como una biblioteca y participación en actividades varias. También hay una exposición permanente, que incluye las salas de Prehistoria, Numismática y de Antigüedad Clásica Púnico-Romana. Otras salas son las de Arte Árabe Medieval y la Melilla Moderna y Contemporánea.