La imponente ciudadela de Selçuk se encuentra en la colina de Ayasluk, la misma en que San Juan escribió su Evangelio. Es posible ascender a ella desde la Basílica de San Juan, las vistas de los alrededores son bastante buenas.
Esta ciudadela fue construida por los bizantinos en el siglo VI, reconstruida por los selyúcidad y vuelta a restaurar en la edad moderna. En el interior es posible ver una mezquita selyúcida y una iglesia en ruinas, pero -hasta la fecha- la ciudadela permanece cerrada a causa del derrumbe parcial de uno de sus muros. Aún está siendo restaurada.
A pesar no poder acceder a su interior, merece la pena acercarse a verla desde cerca. La visión de la ciudadela en lo alto, con el cielo nublado, es sobrecogedora. Por el camino es muy fácil que lugareños se ofrezcan para colarse dentro de la ciudadela o vendernos monedas antiguas. No es muy recomendable seguir sus indicaciones.